1956年，玉溪烟叶复烤厂创建。1959年，更名为云南玉溪卷烟厂，玉溪卷烟厂正式成立，“红塔山”品牌正式投产。1991年，玉溪卷烟厂成为全国烟草行业唯一的“国家一级企业”，“红塔山”荣获国家金质奖章。1995年9月，以玉溪卷烟厂为核心企业组建玉溪红塔烟草（集团）有限责任公司。2005年12月，玉溪红塔烟草（集团）有限责任公司更名为红塔烟草（集团）有限责任公司。2007年7月，玉溪卷烟厂恢复建制，成为红塔集团主要卷烟生产厂。
截至2021年底，玉溪卷烟厂拥有完备的打叶复烤线、制丝生产线、梗丝生产线、卷接机组、包装机组、滤棒成型机组，年卷烟生产能力220万箱以上,厂区占地面积134.04万平方米，在岗员工2850。
2021年，玉溪卷烟厂扎实开展党史学习教育，坚定理想信念，强化使命担当，贯彻“一盘棋”思想，瞄准“玉溪”品牌千亿目标，围绕“最优制造、无忧质量、最佳成本”工作主线，一以贯之、接续奋斗，全面抓好“三大中心”建设，全面深化“5+1”产品力提升工程，全面夯实基础管理，统筹抓好疫情防控，各项工作有序推进，生产经营任务圆满完成。产品质量在各级各类质量监督抽检中合格率均达100%。工厂22项对标指标同比提升18项，其中4项排名行业第一、13项排名行业前十，前十指标数量在行业卷烟工厂中排名第二、在云南中烟所属卷烟工厂中排名第一。